Bei einem Widerspruchsverfahren gilt, dass jeder seine Kosten selbst trägt. Allerdings kann das Patentamt bestimmen, dass ausnahmsweise eine Partei die Kosten allein tragen muss. Dies gilt insbesondere, falls es unbillig wäre, dass eine Partei ihre Kosten trägt.

Hatte beispielsweise der Anmelder der jüngeren Marke Kenntnis von der älteren Marke, so kann dem Anmelder der jüngeren Marke die Kosten des Widerspruchsverfahren auferlegt werden. Hierbei können erhebliche Kosten entstehen, da das Gericht typischerweise auch bei unbekannten Marken einen hohen Gegenstandswert ansetzt.